بررسی مقاومت ارقام مختلف چغندرقند به ویروس ایرانی پیچیدگی بوته …

عنوان                                                                                                                               صفحه

 

 

 

فصل اول: مقدمه

 

۱-۱ کلیات ۲

 

فصل دوم: مروری بر پژوهش‏های پیشین

 

۲-۱- توصیف جمینی‌ویروس‌ها و اهمیت آنها ۶

 

٢-۲- طبقه بندی تیره Geminiviridae. 7

 

۲-۳- ویژگی‌های جنس Curtovirus. 10

 

۲-۳-۱- ساختار ژنوم، تعداد و نقش چارچوب‌های خوانش کرتوویروس‌ها ۱۱

 

۲-۳-۲- تنوع ژنتیکی موجود در بین گونه‌های جنس Curtovirus. 12

 

۲-۴- ویژگی‌های جنس Becurtovirus. 15

 

۲-۵- انتقال ویروس پیچیدگی بوته چغندرقند با ه ناقل ۱۷

 

۲-۶- انتقال ویروس پیچیدگی بوته چغندرقند به روش Agroinoculation.

 

۲-۷- سایر روش‌های انتقال ویروس پیچیدگی بوته چغندرقند. ۱۹

 

۲-۸-دامنه میزبانی ویروس‌های ایجاد کننده بیماری پیچیدگی بوته چغندرقند. ۲۰

 

۲-۹-علائم بیماری پیچیدگی بوته چغندرقند. ۲۵

 

۲-۱۰-کنترل بیماری پیچیدگی بوته چغندرقند. ۲۷

 

۲-۱۱-مقاومت به ویروس پیچیدگی بوته چغندرقند. ۲۹

 

فصل سوم: مواد و روش‏ها

 

۳-۱ کشت و پرورش گیاهان مورد استفاده در این تحقیق ۳۲

 

۳-۲- همسانه‌های عفونت‌زای مورد استفاده ۳۳

 

عنوان                                                                                                                               صفحه

 

 

 

۳-۳- کشت باکتری حاوی سازه‌های دوپار ناقص ویروس‌ها ۳۳

 

۳-۴- تهیه زادمایه باکتری حاوی همسانه عفونت‌زای BCTIV و BSCTV-IR برای مایه‌زنی و ایجاد آلودگی بوته‌های چغندرقند  ۳۳

 

برای دانلود متن کامل پایان نامه به سایت  ۴۰y.ir  مراجعه نمایید.

۳-۵- استخراج دی.ان.ای از بافت گیاهی ۳۴

 

۳-۵-۱- استخراج DNA از بافت های گیاهی با استفاده از محلول CTAB 34

 

۳-۵-۲ استخراج DNA از بافت های گیاهی با استفاده از کیت ۳۵

 

۳ – ۶- آزمون زنجیره ای پلیمراز ((PCR 35

 

۳-۷- تهیه ژل و انجام الکتروفورز برای بررسی نتایج آزمون PCR 37

 

۳-۸- آزمون واکنش زنجیرهای پلیمراز در زمان واقعی ( RT- PCR , (Real-Time PCR 38

 

۳-۹- آنالیز دادههای آزمون  Real-time PCR 40

 

۳-۱۰- کنترل مثبت و منفی در آزمون Real-Time PCR 40

 

۳-۱۱- روش تهیه نمونههای دیانای مورد استفاده در آزمون Real-Time PCR 41

 

۳-۱۲- تهیهی الگوهای مثبت استاندارد. ۴۱

 

۳-۱۳- روش تهیهی آب تیمار شده با DEPC 42

 

۳-۱۴- روش استخراج دیانای پلاسمیدهای نوترکیب ۴۲

 

۳-۱۵- طرح آزمایش ارزیابی مقاومت ارقام چغندر‌قند پس از مایه‌زنی با روش اگرواینوکولیشن ۴۳

 

۳-۱۶ طرح آزمایش ارزیابی مقاومت سه رقم انتخابی چغندرقند در آلودگی انفرادی و مخلوط به BCTIV و BSCTV-IR   ۴۵

 

۳-۱۷- روش‌های تجزیه آماری ۴۶

 

۳-۱۷-۱- تجزیه آماری داده‌های مربوط به شدت علائم بیماری ارقام یازده‌گانه چغندر‌قند مایه‌زنی شده با همسانه عفونت زای BCTIV   ۴۶

 

۳-۱۷-۲- تجزیه آماری داده‌های مربوط به وزن قسمت‌های هوایی، ریشه و کل گیاه ارقام یازده‌گانه چغندر‌قند مایه‌زنی شده با همسانه عفونت زای BCTIV 48

 

عنوان                                                                                                                               صفحه

 

 

 

۳-۱۷-۳ تجزیه آماری داده‌های مربوط به شدت علائم بیماری در آزمایش ارزیابی مقاومت سه رقم انتخابی چغندر‌قند مایه‌زنی شده با همسانه عفونت‌زای BCTIV و BSCTV-IR بطور انفرادی و مخلوط ۴۸

 

۳-۱۷-۴- تجزیه آماری داده‌های مربوط به وزن قسمت‌های هوایی، ریشه و وزن کل گیاه سه رقم انتخابی چغندر‌قند مایه‌زنی شده با همسانه‌های عفونت زای BCTIV و BSCTV-IR بطور انفرادی و مخلوط ۵۰

 

فصل چهارم: نتایج

 

۴-۱ ردیابی ویروس پیچیدگی ایرانی بوته چغندرقند(BCTIV) در ارقام یازده‌گانه چغندرقند پس از مایه‌زنی با همسانه عفونت‌‌زای این ویروس با استفاده از PCR 52

 

۴–۲ واکنش فنوتیپی ارقام چغندر قند پس از مایه زنی با سوسپانسیون باکتری حاوی همسانه عفونت زای BCTIV   ۵۳

 

۴-۳ بررسی آماری ارزیابی مقاومت ارقام چغندر‌قند پس از مایه‌زنی با همسانه عفونت‌زای BCTIV در چهار کشت متوالی   ۶۱

 

۴-۳-۱ تجزیه و تحلیل داده‌های مربوط به علائم بیماری در روزهای ۲۱ و ۳۵ بعد از زمان مایه‌زنی با همسانه عفونت‌زای BCTIV در چهار کشت متوالی ۶۱

 

۴-۳-۲  تجزیه و تحلیل آماری داده‌های مربوط به وزن قسمت‌‌‌های هوایی و وزن ریشه ارقام یازده‌گانه چغندرقند پس از  مایه‌زنی با همسانه عفونت‌زای BCTIV در چهار کشت متوالی ۷۲

 

۴-۴ بررسی آماری ارزیابی مقاومت ارقام چغندر‌قند پس از مایه‌زنی با همسانه عفونت‌زای BCTIV و BSCTV-IR در آلودگی مخلوط-در سه رقم. ۸۳

 

۴-۴-۱  بررسی ارزیابی مقاومت سه رقم انتخابی چغندر‌قند بعد از مایه‌زنی با BCTIV و BSCTV-IR بطور انفرادی و مخلوط همزمان  ۸۳

 

۴-۴-۲ تجزیه و تحلیل داده‌های مربوط به شدت علائم بیماری پس از مایه‌زنی با همسانه‌های عفونت‌زای BCTIV و BSCTV-IR بطور انفرادی و مخلوط در چهار کشت متوالی ۸۸

 

۴-۴-۳ تجزیه و تحلیل داده‌های مربوط به وزن قسمت‌‌های هوایی و وزن ریشه در روز ۳۵ بعد از زمان مایه زنی با همسانه‌های عفونت‌زای  BCTIV و BSCTV-IR در چهار کشت متوالی ۹۴

 

عنوان                                                                                                                               صفحه

 

 

 

۴-۵ بررسی برهم‌‌کنش دو ویروس BCTIV و BSCTV-IR در آلودگی مخلوط همزمان با استفاده از Real Time PCR 100

 

۴-۵-۱ کارایی آغازگرها در تکثیر رقت‌های استانداردها به منظور سنجش اعتبار آزمون RT-PCR 101

 

۴-۵-۲ مقایسه غلظت ویروس‌های مورد مطالعه در آلودگی‌های انفرادی و مخلوط در آزمون RT-PCR 103

 

فصل پنجم: بحث و نتیجه‎گیری

 

۵-۱ ارزیابی مقاومت ارقام مختلف چغندرقند نسبت به ویروس ایرانی پیچیدگی بوته چغندرقند (BCTIV) 108

 

۵-۲ بررسی برهمکنش ویروس پیچیدگی شدید بوته چغندر و ویروس ایرانی پیچیدگی بوته چغندر در آلودگی مخلوط همزمان بر روی سه رقم Brigita ، Dorothea و ۷۲۳۳٫ ۱۱۴

 

منابع        ۱۱۷

 

 چکیده و صفحه‏ی عنوان به زبان انگلیسی

 

 

 

فهرست جدول‎ها

 

عنوان                                                                                                                               صفحه

 

 

 

جدول ۲-۱ میزبان‌های طبیعی BCTV در ایران و مهمترین علایم موجود در آنها (آل یاسین و همکاران، ۱۳۷۴) ۲۱

 

جدول ۲-۲ میزبان‌های ویروس عامل بیماری پیچیدگی بوته چغندرقند ((Heydarnejad et al., 2007. 22

 

جدول ۲-۳ میزبان‌های طبیعی BSCTV-IR و BCTIRV گزارش شده از ایران (جهان بین، ۱۳۹۲) ۲۴

 

جدول ۳-۱ آغازگرهای مورد استفاده برای تکثیر قطعهی ۴۹۶ جفت بازی از ژنوم BSCTV-IR 36

 

جدول ۳- ۲ آغازگرهای مورد استفاده برای تکثیر قطعهی ۶۸۲ جفت بازی از ژنوم BCTIV 36

 

جدول ۳-۳ نوع و مقدار مواد مورد استفاده در آزمون واکنش زنجیره ای پلی مراز ۳۶

 

جدول ۳- ۴- سیکل دمایی آزمون PCR 37

 

جدول ۳-۵- نوع و مقدار مواد مورد استفاده در آزمون واکنش Real-Time PCR 38

 

جدول ۳-۶- آغازگرهای مورد استفاده برای تکثیر قطعهی ۱۴۲ جفت بازی از ژن rRNAs Beet در چغندرقند به عنوان کنترل داخلی گیاه چغندرقند جهت استفاده در آزمون RT- PCR 39

 

جدول ۳-۷ آغازگرهای مورد استفاده در آزمون RT-PCR برای تکثیر قطعهی ۱۱۶ جفت بازی از ژنوم BSCTV-IR 39

 

جدول ۳-۸ آغازگرهای مورد استفاده در آزمون RT-PCR  برای تکثیر قطعهی ۱۱۶ جفت بازی از ژنوم BCTIV 39

 

جدول ۳-۹ سیکلهای دمایی آزمون  RT-PCR 39

 

جدول ۳-۱۰ نمره دهی شدت علائم بیماری پیچیدگی بوته چغندر‌قند با استفاده از مقیاس ترتیبی در ۵ درجه  ۴۴

 

جدول۴-۱ تعداد گیاهان (از جمع ۱۵ گیاه در هر تیمار) نشان دهنده شدت‌های مختلف علائم بیماری پیچیدگی بوته چغندرقند مایه‌زنی شده با همسانه عفونت‌زایBCTIV، ۲۱ و ۳۵ روز بعد از زمان مایه‌زنی- کشت اول. ۵۷

 

جدول۴-۲ تعداد گیاهان (از جمع ۱۵ گیاه در هر تیمار) نشان دهنده شدت‌های مختلف علائم بیماری پیچیدگی بوته چغندرقند مایه‌زنی شده با همسانه عفونت‌زایBCTIV، ۲۱ و ۳۵ روز بعد مایه‌زنی- کشت دوم. ۵۸

 

 

 

عنوان                                                                                                                               صفحه

 

 

 

جدول۴-۳ تعداد گیاهان(از جمع ۱۵ گیاه در هر تیمار) نشان دهنده شدت‌های مختلف علائم بیماری پیچیدگی بوته چغندرقند مایه‌زنی شده با همسانه عفونت‌زایBCTIV، ۲۱ و ۳۵ روز بعد مایه‌زنی- کشت سوم. ۵۹

 

جدول۴-۴ تعداد گیاهان (از جمع ۱۵ گیاه در هر تیمار) نشان دهنده شدت‌های مختلف علائم بیماری پیچیدگی بوته چغندرقند مایه‌زنی شده با همسانه عفونت‌زای BCTIV، ۲۱ و ۳۵ روز بعد مایه‌زنی- کشت چهارم. ۶۰

 

جدول-۴-۵ تجزیه واریانس شاخص بیماری ارقام چعندرقند در ۴ کشت متوالی ۶۲

 

جدول ۴-۶ مقایسه میانگین شدت علائم بیماری ارقام یازد‌گانه چغندرقند پس از مایه‌زنی با همسانه عفونت‌زای BCTIV -کشت اول  ۶۳

 

جدول ۴-۷ مقایسه میانگین شدت علائم بیماری -کشت دوم. ۶۶

 

جدول ۴-۸ مقایسه میانگین شدت علائم بیماری –کشت سوم. ۶۸

 

جدول ۴-۹ مقایسه میانگین شدت علائم بیماری- کشت چهارم. ۷۰

 

جدول-۴-۱۰ تجزیه واریانس داده‌های وزن قسمت‌های هوایی و ریشه. ۷۳

 

جدول-۴-۱۱ مقایسه میانگین داده‌های وزن قسمت‌های هوایی، ریشه و وزن کل ارقام یازده‌گانه چغندرقند پس از مایه‌زنی با همسانه عفونت زای BCTIV- کشت اول. ۷۴

 

جدول-۴-۱۲ مقایسه میانگین داده‌های وزن قسمت‌های هوایی، ریشه و وزن کل ارقام یازده‌گانه چغندرقند پس از مایه‌زنی با همسانه عفونت زای BCTIV- کشت دوم. ۷۷

 

جدول-۴-۱۳ مقایسه میانگین داده‌های وزن قسمت‌های هوایی، ریشه و وزن کل ارقام یازده‌گانه چغندرقند پس از مایه‌زنی با همسانه عفونت زای BCTIV -کشت سوم. ۷۹

 

جدول-۴-۱۴ مقایسه میانگین داده‌های وزن قسمت‌های هوایی، ریشه و وزن کل ارقام یازده‌گانه چغندرقند پس از مایه‌زنی با همسانه عفونت زای BCTIV -کشت چهارم. ۸۱

 

جدول۴-۱۵ تعداد گیاهان (از جمع ۶ گیاه در هر تیمار) نشان دهنده شدت‌های مختلف علائم بیماری پیچیدگی بوته چغندرقند در کشت مخلوط و مایه‌زنی  همزمان، ۲۱ و ۳۵ روز بعد از زمان مایه‌زنی- کشت اول. ۸۴

 

جدول۴-۱۶ تعداد گیاهان نشان (از جمع ۶ گیاه در هر تیمار) دهنده شدت‌های مختلف علائم بیماری پیچیدگی بوته چغندرقند در کشت مخلوط همزمان، ۲۱ و ۳۵ روز بعد مایه‌زنی- کشت دوم. ۸۵

 

عنوان                                                                                                                               صفحه

 

 

 

جدول۴-۱۷ تعداد گیاهان نشان (از جمع ۶ گیاه در هر تیمار) دهنده شدت‌های مختلف علائم بیماری پیچیدگی بوته چغندرقند در کشت مخلوط همزمان، ۲۱ و ۳۵ روز بعد مایه‌زنی- کشت سوم. ۸۶

 

جدول۴-۱۸ تعداد گیاهان نشان (از جمع ۶ گیاه در هر تیمار) دهنده شدت‌های مختلف علائم بیماری پیچیدگی بوته چغندرقند در کشت مخلوط همزمان، ۲۱ و ۳۵ روز بعد مایه‌زنی- کشت چهارم. ۸۷

 

جدول-۴-۱۹ تجزیه واریانس داده‌های وزن قسمت هوایی و ریشه  در آلودگی انفرادی و  مخلوط با BCTIV و BSCTV   ۸۹

 

جدول ۴-۲۰ آنالیز دادههای مربوط به غلظت  ویروس‌های‌BSCTV-IR  و  BCTIVدر گیاهان مایه‌زنی شده ۲۱ روز بعد از زمان مایه‌زنی در آلودگی انفرادی و مخلوط همزمان. ۱۰۴

 

جدول ۴-۲۱ آنالیز دادههای مربوط به غلظت  ویروس‌های‌BSCTV-IR  و  BCTIVدر گیاهان مایه‌زنی شده ۳۵ روز بعد از زمان مایه‌زنی در آلودگی انفرادی و مخلوط همزمان. ۱۰۵

 

 

 

 

 

فهرست شکل‎ها

 

عنوان                                                                                                                               صفحه

 

 

 

شکل ۲-۱ وجود نقاط برجسته در روی رگبرگ‌ها و چروکیدگی برگ چغندر‌قند در اثر آلودگی به ویروس کرلی تاپ ( فتاحی ۱۳۹۱)………………………………………………………………………………………………………… ۲۶

 

شکل ۳-۱ سری رقت‌های تهیه شده از محصول PCR دی ان ای پلاسمید استخراج شده از آگروباکتریوم………………………………………………………………………………………………………………………………. ۴۲

 

شکل ۴-۱ نقوش الکتروفورزی محصولات  PCR تکثیر شده از دی.‌ان.‌ای استخراج شده از گیاهان ارقام کشت شده (کشت اول)…………………………………………………………………………………………………………۵۳